Phantasy Star Online2 RMT依頼をこなすためにロロナは，錬金術で素材を調合し，さまざまなアイテムを作成していくことになる。ただし，素材を手に入れるにはフィールドを探索したり，ときにはモンスターと戦ったりすることも必要だ。また，街の人々からの依頼は，錬金術で調合したアイテムを納品する以外にも，特定のモンスターを討伐するといったものもある。
新・ロロナのアトリエ はじまりの物語 ～アーランドの錬金術士～
新・ロロナのアトリエ はじまりの物語 ～アーランドの錬金術士～
本作における調合とバトルは，「ロロナのアトリエ」の特徴を残しつつ，「メルルのアトリエ Plus ～アーランドの錬金術士3～」のシステムをベースにしたものになっている。
調合では，作成するアイテムの特性などを任意に選べるようになったことで，“最強アイテム”を作る楽しみがパワーアップしている。
また，一部アイテムをアトリエ内に飾って“模様替え”ができるようになった。飾るアイテムによっては，特定のステータスが上昇するといった恩恵が受けられることもある。
そのほか，“時空を超えて”アイテムのやり取りができる，「タイムカプセル」というシステムも用意される。タイムカプセルに入れたアイテムは，さまざまな形で“変化”するとのこと。「トトリのアトリエ」「メルルのアトリエ」のセーブデータがあれば，変化のバリエーションはさらに増える模様だ。
さらに「ロロナのアトリエ」では仲間にならなかったキャラクターを仲間にできるようになり，クリア後には“想定外”のキャラクターが仲間になることもあるという。
コスチューム変更も大幅にリニューアルされ，主人公以外にも一部仲間キャラクターのコスチューム変更できるようになる。